Après un premier refus de funérailles religieuses, le Vatican, sur la pression de François-Joseph, accepte, en adoptant la thèse du suicide dans un moment de folie.
Rodolphe était effectivement affaibli, suite à une vie tourmentée d'infidélités notoires et d'usage abusif de drogues. Mais Rodolphe était aussi en relation tendue avec ses parents, surtout avec son père dont il ne partageait pas le point de vue politique. Rodolphe était un libéral et redoutait La Russie et l'Allemagne. Une version circule selon laquelle Clémenceau l'aurait fait approcher par Comelius Herz (financier américain d'origine bavaroise) pour fomenter, avec son accord, un complot contre son père afin de faire passer l'Autriche dans le camp français. Rodolphe, ayant refusé, aurait été assassiné. Une chose est sûre : les deux amants sont morts à Mayerling.
Le tombeau de Marie Vetsera a été profané deux fois : en 1946, par des soldats soviétiques et en 1991 par Franz Flatzelsteiner qui vola le cercueil. On le retrouva en 1992. Le crâne (incomplet) ne porterait pas de trace de balle mais des marques de coups.